La Hermandad de Ánimas Benditas estaba instaurada en la Parroquia al menos desde el siglo XVII, y así lo revela la fecha de 1698, donde se dice que tenia a su favor rentas y privilegios. En 1837 se construye en cementerio parroquial, el Camposanto de la Vega, su coste fue 30.000 reales; sin embargo, la Hermandad de Ánimas seguía estando ubicada en la Parroquia, y en 1869 se recoge publicado un Sumario de Indulgencias concedidas a la Cofradía de las Benditas Ánimas del Purgatorio, erigida en la Parroquia de San Juan Bautista de La Palma del Condado por D. Miguel Domínguez Matamoros, Presbítero y Mayordomo que fue de la Cofradía de Benditas Ánimas, dándose publicidad así a la Bula concedida en Roma el 6 de Abril de 1783.Por otro lado, la actual Hermandad fue fundada el día 1 de Mayo de 1948. La primera reunión tuvo lugar en la casa nº 1 de la Plaza de España, y su primera sede canónica fue la Capilla del Camposanto, resurgiendo alrededor de la imagen que allí se veneraba a María Stma. de la Soledad (la que actualmente procesiona a los pies del Stmo. Cristo del Perdón).
En sus primeros años procesionaba con el Cristo que en la actualidad preside el Altar Mayor de la Parroquia, que la Hermandad encargó al escultor sevillano Enrique Orce, y con la vinculación con los fieles difuntos está fusionada a la Hermandad de las Ánimas Benditas del Purgatorio, ofreciéndole una novena en el mes de Noviembre.
La Hermandad se estableció en la Parroquia de San Juan Bautista en 1956, en el altar de Ánimas que Santiago Martínez pintó para nuestro Templo. Allí estuvo radicada la Hermandad hasta su traslado a la actual sede, la Ermita de San sebastián.
En el año 1976 la Junta de Gobierno de la Hermandad decide encargar una imagen de palio al escultor sevillano D. Luis Álvarez Duarte, siendo bendecida esta imagen con el nombre de Ntra. Sra. de la Amargura el día 3 de Abril de 1977, realizando su primera Estación de Penitencia; siendo entonces la primera Hermandad de la localidad que contó con Hermanos Costaleros para portar sus pasos. En 1981 se decide realizar un nuevo Cristo, que igualmente se encargó a D. Luis Álvarez Duarte, realizando su primera Estación de Penitencia en la Semana Santa de 1982.
El 28 de Octubre de 1989 se bendijo e inauguró la primera Casa-Hermandad, cuya construcción duró aproximadamente 2 años.
En 1993 se restauró la imagen de María Stma. de la Soledad por el taller de conservación sevillano SECOR.
El 8 de Abril de 2001 (Domingo de Ramos), se traslada a la nueva sede canónica de la Ermita de san Sebastián.
En la Semana Santa de 2002 estrena un nuevo paso neobarroco de caoba para el Stmo. Cristo del Perdón, obra del escultor e imaginero sevillano D. Jesús Curquejo Murillo.
En 2005 se aprobó la adquisición de solar para una nueva Casa-Hermandad, proyecto que culminó el 9 de Febrero de 2007, fecha en la que se bendijo la nueva Casa-Hermandad en la calle Alegría de la Huerta. En Diciembre de 2007 se culminó la restauración de la Imagen del Stmo. Cristo del Perdón por parte de su propio autor, D. Luis Álvarez Duarte en su taller del Aljarafe Sevillano.
